基因组从头测序（de novo sequencing）主要针对基因组序列未知或基因组组装不理想的物种，构建不同类型的DNA文库并测序，使用生物信息学方法对序列进行组装和注释，从而获得该物种完整的基因组序列信息。应用于构建参考序列、泛基因组研究及比较基因组学分析等。